以农业微生物资源精准挖掘及高效利用为核心，重点开展针对油料作物病虫害防控、生物除草、植物免疫诱抗及生物兽药等关键核心技术的开发。已建立了保藏规模国内领先的微生物菌种资源库及天然产物资源库，收集保存多样性微生物资源超17万份，构建了包含4300余个微生物天然产物数据库，2022年首批进入国家农业微生物种质资源库。建立了30多个重要农作物病虫草害靶标，年筛选能力达到150万样次；建立了抗菌、抗病毒药物筛选靶标20余个，年筛选能力达到50万样次。在微生物分离培养技术、高通量筛选及模型建立、天然产物的发现和农用功能开发等方面取得了众多创新和突破，多项专利菌株进入产业化开发阶段。