于2021年由农业农村部批准建设，项目总投资1750万元。重点开展微生物农药资源挖掘与新品种创制、微生物农药产业化关键共性技术研究以及微生物农药应用技术研究与试验示范。现阶段，已初步建成了位于南湖的微生物农药资源收集与保藏平台、高通量生测平台、先导发现平台、微生物农药公斤级制备平台、天然产物导向的绿色农药平台及微生物育种平台；位于光谷生物城的多功能中试平台、多功能验证平台及制剂平台；位于湖北鄂州夏大湖的药效试验基地和微生物循环农业试验示范基地，形成了集创新、开发和应用于一体的链式研发体系。

农业农村部微生物农药创制重点实验室将在微生物农药创制的新理论、新技术方面实现重大突破，在学科发展中起到国内引领作用，成为我国微生物农药创制的基础和应用基础研究为主的专业性科研创新基地，同时成为稳定、培养和吸引优秀专业科研人才的前沿阵地以及国内外微生物农药学术交流重要平台。